DTU Bioengineering har et stort fokus på industrisamarbejder og arbejder målrettet på at udvide omfanget af projekter med industripartnere.
Instituttets videnskabelige medarbejdere deltager i samarbejdsprojekter med små, mellemstore og store virksomheder finansieret af både nationale og internationale fonde, og næsten 40 procent af instituttets publikationer i 2017 involverede industripartnere.
DTU Bioengineering samarbejder tæt med alle andre life science institutter på DTU samt med de teknologifokuserede institutter. Ligeledes har instituttet omfattende samarbejder med forskningenheder i ind- og udland.